KOF98依然分为ADVANCED MODE和EXTRA MODE两种模式。

ADVANCED MODE模式：此作中ADVANCED MODE模式能量槽数量进行了调整，根据角色对战顺序能量槽的最大数量分为三个四个以至五个，但是能量槽的继承同样也受到心情的影响。

EXTRA MODE模式：EXTRA MODE能量槽则依角色对战顺序逐渐缩短，集气速度则加快。使得回避防守和进攻的切换速度大大加快。此外指令投以及必杀技不中的话会出现硬直动作，前作中诸多BUG得到了修正，必杀技的输入以及节奏也有所变化，游戏性加强，不过游戏平衡性上依然较为失衡，八门鹤克过于泛滥。