历史时期考古中，王朝的变更对考古学遗存的影响研究，一直是考古类型学与分期研究中的难点。这一难点可以说首先表现在考古学地层如何反映王朝的变更；其次表现在王朝变更的重大历史事件，在考古学遗存中没有明确纪年的情况下，重大历史事件如何反映在考古学遗存中。这一两难问题，在商周考古玉器改形器的研究中，得到了思考的机会和个案研究的突破。
——吴桂兵
多元一体文化格局下的中华文明历史研究，需要从中原地区核心文化的研究视角考察其与各地文化之间的内在关联，更需要从各地文化的重要考古发现回望中原地区核心文化的重要价值和深远影响。三星堆祭祀坑的考古新发现，不仅对于深入开展三星堆文化研究具有重要的学术意义，更为华夏文明多元一体格局的研究提供了非常重要的考古新资料，将极大促进考古工作和历史研究的深入展开。
——李宏飞
中华文明探源工程已经取得的成就有目共睹，未来我们应该加强文化基因、文明机制、文明动因等上层建筑方面内涵的探讨，或者说属于精神、理念和思想层次的研究。集中探索“中华之源、中华之根、中华之魂”，尤其是“中华之魂”，从上层建筑的角度回答“为什幺中华文明5000 多年延绵不断”的深层次原因，以及“中华文明为什幺会有这样的标识”等重大问题。
——高江涛
通过考古、语言和遗传学的跨学科交叉研究解析人类史前历史，把自然科学的技术方法全面地引入考古学和语言学研究中，综合多学科视角，定性研究与定量研究相结合，全方位、多角度探索族群起源和文化演变中的关键问题，我们能够让人类生物遗传谱系的研究与考古和语言文化谱系互相借鉴、互相印证、互相补充，从而进一步回答好中华文明起源、形成、发展的基本图景、内在机制以及各区域文明演进路径等重大问题。
——王传超
