深海迷航具有高度的自由性和建造性，玩家可自由建造自己的基地，并且定制各种家具和标签，种植养殖各种动植物。并且游戏专门设立了建造模式，建造的趣味性甚至会让一部分玩家不想通关剧情，沉迷于建造和经营。在游戏里也可以驾驶不同的潜水载具，携带各种装备，自由穿梭于广阔无限的海底，扫描识别所发现的动植物，探索神秘又充满危险的海底世界。也是对有的人的一种挑战。熔岩区是整个地图最深的区域，海娥号只能望而却步了。熔岩区有两个入口可以进入，一个在失落之河东北库什区入口，另一个经过生命之树后转向下潜，独眼巨人的声呐系统可以帮助玩家寻找道路。熔岩区温度较高，普通潜水服直接接触会掉血。熔岩区可以找到外星人的热发电厂，里面有离子电池的图纸。还有最终区域：海皇监狱。一共有三条海龙利维坦，分别在热发电厂、熔岩区的平原和海皇监狱。独眼巨人经过它们时一般会遭到攻击，防御模块和热发电模块是必备的。蓝晶石也是熔岩区的特有矿物。

游戏剧情的丰富性也是深海迷航的一大特色。