选任何阵营都无所谓其实，最终结局只是谁被灭了谁存活下来而已，如果硬要说有良心的话，应选择义勇军。
1.义勇军结局:铁路、钢铁兄弟会、义勇军存活，学院被灭(唯一的三方幸存结局，算是有良心吧) , 玩家继续担任波:土顿义勇军分部的将军、铁路组织干员、钢铁兄弟会骑士这些职位。
2.铁路结局: 铁路、义勇军存活，钢铁兄弟会和学院被灭,玩家成为铁路的得力干员，辅助铁路组织完成各种合成人拯救任务顺便清理一些学院追猎者。
3.钢铁兄弟会结局: .钢铁兄弟会、义勇军存活，铁路和学院被灭,玩家晋升为钢铁兄弟会铁卫(仅次于麦克森长老的地位)，辅助钢铁兄弟会继续收集联邦境内的科技文件以及协助钢铁兄弟会剑桥警局分部清剿合成人、掠夺者和超级变种人。
4.学院结局:学院、义勇军存活，钢铁兄弟会和铁路被灭,学院前领导人"Father” (其实就是主角的儿子尚恩)病逝,玩家接替学院领导人一职，建立一个被合成人慢慢渗透 入侵的新联邦。
总之不论选哪个阵营，其他阵营至少都会被灭掉一个，不存在所以阵营都存活的结局。
